Wenn NEO nur für einen Benutzter des Computers verwendet werden soll, empfiehlt es sich, den Inhalt der Datei neo.conf in die Datei $HOME/.neorc zu schreiben. Wenn NEO für ale Benutzer des Computers verwendet werden soll, sollte hingegen die Datei /etc/neo.conf bevorzugt werden. Individuelle Einstellungen können immer in der persönlichen $HOME/.neorc vorgenommen werden.